Las principales actividades socioeconómicas de la región del Comahue en el norte de la Patagonia argentina dependen directamente de la disponibilidad hídrica de los ríos Limay, Neuquén y Negro. En este trabajo, se aplicó el modelo hidrológico VIC (Variable Infiltration Capacity) a las cuencas de dichos ríos con el objetivo de estudiar el posible impacto que el cambio climático tendrá en la hidrología de la región durante las próximas décadas. La etapa de calibración del modelo mostró que la base de datos observacional disponible es insuficiente para llevar a cabo una adecuada calibración del modelo a nivel diario. Frente a esto, se aplicaron diversas correcciones a las temperaturas máximas y mínimas y precipitación por separado a nivel mensual, obteniéndose al disminuir las temperaturas en los Andes una calibración (1999-2009) y una validación (2011-2016) a nivel anual satisfactorias. Los cambios proyectados en precipitación y en temperaturas máximas y mínimas para lo que resta del siglo XXI y bajo los escenarios con forzante radiativo moderado y alto sugieren una disminución en la precipitación en los Andes neuquinos y un aumento en las temperaturas, lo cual daría lugar a una reducción en el caudal medio anual para los ríos de la región que tendería a acentuarse conforme aumente la concentración de gases de efecto invernadero.